Решением Священного Синода от 27-28 декабря 2011 года (журнал № 151) Уфимская епархия включена в состав Башкортостанской митрополии. Из состава Уфимской епархии выделены Нефтекамская и Салаватская епархии.
Главой Башкортостанской митрополии, назначен правящий архиерей Уфимской епархии, Высокопреосвященнейший Никон Митрополит Уфимский и Стерлитамакский
Правящим архиереем Нефтекамской епархии, решением Священного Синода Русской Православной Церкви от 27 декабря 2011 года, избран Преосвященнейший Амвросий, епископ Нефтекамский и Белебеевский.
Наречение состоялось 24 февраля 2012 года. Хиротонисан 4 марта 2012 года за Божественной литургией в Храме Христа Спасителя г. Москва. Богослужение возглавил Святейший Патриарх Московский и всея Руси Кирилл.
17 марта 2012 г. Преосвященнейший Амвросий , епископ Нефтекамский и Белебеевский прибыл на место своего служения.
На момент образования епархия объединяла приходы в административных границах городских округов Нефтекамск, Октябрьский, Агидель, городов Туймазы, Белебей, Бирск, Дюртюли и Янаул, а также Аскинского, Бакалинского, Балтачевского, Белебеевского, Белокатайского, Бирского, Благоварского, Буздякского, Бураевского, Дуванского, Дюртюлинского, Ермекеевского, Илишевского, Калтасинского, Караидельского, Кигинского, Краснокамского, Мечетлинского, Мишкинского, Нуримановского, Салаватского, Татышлинского, Туймазинского, Чекмагушевского, Шаранского и Янаульского районов Республики Башкортостан.
Священный Синод Русской Православной Церкви на заседании 4 октября 2012 года присвоил титул «Нефтекамский и Бирский», и утвердил Преосвященного Амвросия в должности настоятеля (священноархимандрита) Пророко-Илиинского мужского монастыря с. Месягутово Республики Башкортостан.
Решением Священного Синода от 29 июля 2017 г. (журнал № 51) в связи с образованием Бирской епархии присвоен титул «Нефтекамский и Октябрьский».
После преобразования Нефтекамская епархия продолжила осуществлять деятельность в городских округах Нефтекамск, Октябрьский, Агидель, городов Туймазы, Белебей, Дюртюли и Янаул, а также в пределах 22 административных районов Республики Башкортостан: Аскинского, Бакалинского, Балтачевского, Белебеевского, Белокатайского, Благоварского, Буздякского, Бураевского, Дуванского, Дюртюлинского, Ермекеевского, Илишевского, Калтасинского, Кигинского, Краснокамского, Мечетлинского, Салаватского, Татышлинского, Туймазинского, Чекмагушевского, Шаранского, Янаульского.
Священный Синод Русской Православной Церкви на заседании от 30 мая 2019 года назначил епископа Нефтекамского и Октябрьского Амвросия, Преосвященным Богородским освободив его от управления Нефтекамской епархией. Временное управление Нефтекамской епархией было поручено митрополиту Уфимскому и Стерлитамакскому Никону (журнал № 50).
Священный Синод Русской Православной Церкви на заседании от 24 марта 2022 года постановил, епархиальному архиерею Нефтекамской епархии иметь титул «Нефтекамский и Белебеевский».
27 декабря 2023 г. на заседании Священного Синода Русской Православной Церкви был избран Епископом Нефтекамским и Белебеевским иеромонах Митрофан (Еврокатов), клирик Уфимской епархии (журнал № 126).
В ночь с 6 на 7 января 2024 г., в праздник Рождества Христова, за Божественной литургии в кафедральном соборе Рождества Пресвятой Богородицы г. Уфы Высокопреосвященнейший Митрополит Уфимский и Башкортостанский НИКОН возвёл иеромонаха Митрофана в сан архимандрита.
14 февраля 2024 года, в Тронном зале храма Христа Спасителя г. Москвы состоялось наречение архимандрита Митрофана во епископа Нефтекамского и Белебеевского.
Архиерейская хиротония состоялась 1 марта 2024 г. за Божественной литургии в Успенском соборе Московского Кремля, которую возглавил Святейший Патриарх Московский и всея Руси КИРИЛЛ.